Chi phí tiền lương là khoản bị xuất toán nhiều nhất trong các cuộc thanh tra. Lý do không phải vì DN cố tình sai — phần lớn là do hồ sơ thiếu tính nhất quán giữa các văn bản. Một bảng lương đúng số nhưng thiếu hợp đồng lao động đúng nội dung, hoặc HĐLĐ ký nhưng không có quyết định bổ nhiệm, đều dẫn đến cùng kết quả: chi phí bị loại.
Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC (thay thế hoàn toàn TT 78/2014 và TT 96/2015 từ kỳ tính thuế 2025), chi phí tiền lương được trừ khi thoả mãn các điều kiện: thực tế chi trả, có hồ sơ pháp lý đầy đủ, phù hợp với chính sách lao động và thuế. Bốn nhóm hồ sơ dưới đây bao phủ tất cả các điều kiện này.
Nhóm 1 — Hồ sơ pháp lý lao động
Đây là nền tảng cho mọi khoản chi lương. Bao gồm: Hợp đồng lao động (theo Bộ luật Lao động 2019) với đầy đủ điều khoản về mức lương, hình thức trả, kỳ hạn trả, các khoản phụ cấp; Quyết định bổ nhiệm, quyết định điều chuyển công tác, quyết định nâng lương theo từng đợt; Bảng mô tả công việc cho từng vị trí (job description) — đặc biệt với các vị trí có lương cao; Quy chế trả lương, thưởng của công ty đã được phê duyệt; Thoả ước lao động tập thể (nếu có công đoàn cơ sở).
Lưu ý chuyên môn: Quy chế trả lương là tài liệu cốt lõi để bảo vệ các khoản phụ cấp, thưởng. Khi DN trả thưởng tháng 13, thưởng hiệu quả công việc, thưởng cuối năm — nếu không có quy chế bằng văn bản quy định rõ điều kiện và mức thưởng, các khoản này có thể bị quy về chi không có cơ sở. Quy chế cần được đăng ký với cơ quan lao động đối với DN có từ 10 lao động trở lên.
Đối với HĐLĐ thời hạn dưới 3 tháng hoặc HĐLĐ thử việc: lưu ý quy định khấu trừ thuế TNCN 10% theo bản chất tiền công vãng lai (khi khoản chi từ 2 triệu/lần). Nhiều DN nhầm lẫn áp dụng biểu lũy tiến cho HĐLĐ thử việc — dẫn đến vừa khấu trừ thiếu vừa kê khai sai.
Nhóm 2 — Hồ sơ chi trả thực tế
Hồ sơ chứng minh việc chi trả lương đã thực sự diễn ra: Bảng lương hàng tháng có chữ ký người lập, người duyệt; Bảng chấm công hàng tháng đối chiếu được với bảng lương; Phiếu lương cá nhân hoặc bảng kê chi tiết từng người; Chứng từ chi trả qua uỷ nhiệm chi hoặc phiếu chi tiền mặt kèm danh sách ký nhận; Sổ chi tiết tài khoản 334 (phải trả người lao động).
Lưu ý đặc biệt: theo Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 320/2025, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt áp dụng cho khoản chi từ 5 triệu trở lên (trước đây là 20 triệu). Đối với lương cá nhân từ 5 triệu/tháng, bắt buộc chuyển khoản qua tài khoản ngân hàng — không chấp nhận chi tiền mặt. Đây là thay đổi lớn — DN còn chi tiền mặt phải chuyển sang chi qua ngân hàng từ tháng 7/2025.
Bảng chấm công cần đối chiếu được với dữ liệu khác — hệ thống chấm vân tay, dữ liệu thẻ từ, log truy cập email công ty. Đoàn thanh tra hiện đại đã yêu cầu các dữ liệu này khi nghi ngờ lương ảo. Một bảng chấm công đẹp nhưng không có dữ liệu xác thực đi kèm thường bị xem là tự lập sau.
Nhóm 3 — Hồ sơ thuế và bảo hiểm liên quan
Mỗi khoản lương đều phát sinh nghĩa vụ thuế TNCN và BHXH. Hồ sơ bao gồm: Tờ khai khấu trừ thuế TNCN tháng/quý; Tờ khai quyết toán thuế TNCN năm (Mẫu 05/QTT-TNCN) và các phụ lục kèm theo; Chứng từ khấu trừ thuế TNCN cấp cho từng cá nhân; Hồ sơ đăng ký giảm trừ gia cảnh của từng người lao động kèm bản sao giấy tờ chứng minh phụ thuộc; Báo cáo BHXH hàng tháng, tờ khai điều chỉnh khi có biến động nhân sự; Sổ BHXH của từng người lao động.
Lưu ý chuyên môn: tiền lương làm cơ sở đóng BHXH thường thấp hơn lương thực trả — đây là cách nhiều DN giảm chi phí BHXH. Tuy nhiên, theo quy định mới về tiền lương đóng BHXH có hiệu lực từ 1/7/2025 (theo Luật BHXH 2024), mức đóng phải bao gồm cả các khoản phụ cấp có tính chất ổn định. DN tách lương thành nhiều khoản nhỏ để giảm cơ sở đóng BHXH có thể bị truy thu khi thanh tra liên ngành giữa thuế và BHXH.
Đồng thời cần lưu ý: nếu cá nhân có nhiều nguồn thu nhập tại nhiều DN khác nhau, hồ sơ giảm trừ gia cảnh chỉ được khai tại 1 nơi. DN cần lưu cam kết của người lao động về việc không kê khai giảm trừ phụ thuộc tại nơi khác — đây là tài liệu bảo vệ DN khi sau này phát sinh tranh chấp.
Nhóm 4 — Hồ sơ chứng minh tính chất công việc và sản phẩm
Đây là nhóm "linh hồn" — chứng minh người lao động thực sự làm việc và tạo ra giá trị. Bao gồm: KPI và đánh giá hiệu quả công việc định kỳ; Sản phẩm công việc cụ thể (báo cáo, file công việc, kết quả dự án); Email công việc, biên bản họp có sự tham gia của cá nhân; Log truy cập hệ thống nội bộ với nhân viên IT, vận hành; Hồ sơ đào tạo, chứng chỉ chuyên môn.
Lưu ý đặc biệt 1 — Lương người thân giám đốc: đây là nhóm bị soi kỹ nhất. Cần có đầy đủ: mô tả công việc rõ ràng, KPI có thể đo lường, sản phẩm công việc định kỳ, mức lương tương xứng với mặt bằng cùng vị trí. Khi cá nhân là "trợ lý giám đốc" với lương 80 triệu/tháng nhưng không có sản phẩm công việc cụ thể, cơ quan thuế xuất toán toàn bộ và có thể quy về chia lợi nhuận trá hình — truy thu thêm thuế TNCN từ đầu tư vốn 5%.
Lưu ý đặc biệt 2 — Lương giám đốc kiêm chủ sở hữu: đối với công ty TNHH một thành viên do cá nhân làm chủ, tiền lương của chủ sở hữu kiêm giám đốc không được tính vào chi phí được trừ — quy định rõ tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Nhiều DN vẫn ghi nhận khoản này vào chi phí và bị loại khi thanh tra. Mức truy thu cộng phạt cho khoản này thường khá lớn vì kéo dài qua nhiều năm.
Lưu ý đặc biệt 3 — Thưởng phi tiền tệ: quà tặng, du lịch, voucher cho người lao động — phải kê khai vào thu nhập chịu thuế TNCN của cá nhân nhận, đồng thời có chứng từ chứng minh (danh sách nhận, hoá đơn hàng hoá/dịch vụ tặng). Thưởng phi tiền tệ không kê khai TNCN bị truy thu cho cá nhân và phạt cho DN.
Khuyến nghị tổ chức hồ sơ
Mỗi người lao động nên có 1 "hồ sơ cá nhân" lưu trữ tách bạch theo thời gian, gồm 4 nhóm nói trên. Khi thanh tra, đoàn thường chọn ngẫu nhiên 5-10 nhân sự để kiểm tra chi tiết — nếu hồ sơ tổ chức tốt, bạn có thể đưa ra trong 5 phút. Hồ sơ lộn xộn cho thấy DN không quản trị tốt — và đoàn thanh tra sẽ đào sâu hơn các phần khác.
