Suốt mười mấy năm, kế toán doanh nghiệp nhỏ chỉ cần nhớ một con số: thuế thu nhập doanh nghiệp 20%. Từ kỳ tính thuế 2025, con số đó không còn đúng với phần lớn doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ — và đây là chỗ rất nhiều người đang tính sai theo cả hai chiều. Có doanh nghiệp doanh thu vài tỷ vẫn để phần mềm tính 20% nên nộp thừa; có doanh nghiệp tưởng mình được hưởng 15% nhưng thực tế bị loại vì dính quan hệ liên kết, đến khi thanh tra mới bị truy thu cả phần chênh cộng tiền chậm nộp. Hiểu sai một bậc thuế suất ở đây là hiểu sai trực tiếp bằng tiền.
Khung mới: ba bậc thuế suất theo quy mô doanh thu
Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 14/6/2025, có hiệu lực từ ngày 1/10/2025 và áp dụng ngay cho kỳ tính thuế năm 2025, thay thế Luật TNDN 2008. Điều 10 của luật lần đầu tiên đưa ra mức thuế suất thấp hơn mức chuẩn để hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ. Mức phổ thông vẫn là 20% cho phần lớn doanh nghiệp. Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng được áp dụng thuế suất 15%. Doanh nghiệp có doanh thu năm trên 3 tỷ đến không quá 50 tỷ đồng áp dụng 17%. Trên 50 tỷ thì về lại mức 20%. Các lĩnh vực đặc thù như dầu khí, tài nguyên quý hiếm vẫn chịu mức riêng cao hơn theo quy định của luật.
Nghe thì đơn giản, nhưng có một chi tiết quyết định mà nếu bỏ qua sẽ tính sai ngay: doanh thu làm căn cứ xác định bậc thuế suất không phải là doanh thu của năm đang tính, mà là tổng doanh thu của kỳ tính thuế liền kề trước đó.
Cái bẫy lớn nhất: thuế suất bị "khóa" bởi doanh thu năm trước
Đây là điểm dễ tính nhầm nhất và cần nói thật kỹ. Vì căn cứ là doanh thu năm liền kề trước, nên thuế suất của năm nay được quyết định bởi kết quả của năm ngoái, chứ không phải bởi tình hình năm nay. Lấy một ví dụ cụ thể: một công ty có doanh thu năm 2024 là 12 tỷ đồng thì năm 2025 áp dụng thuế suất 17%. Giả sử năm 2025 việc kinh doanh sa sút, doanh thu chỉ còn 2,9 tỷ, doanh nghiệp vẫn phải áp 17% cho cả năm 2025, chứ không được tự động nhảy về 15%. Việc chuyển sang 15% chỉ được xét cho năm 2026, vì lúc đó căn cứ là doanh thu 2025 đã xuống dưới 3 tỷ.
Hệ quả thực tế là kế toán không thể nhìn doanh thu đang chạy của năm nay để chọn thuế suất. Phải lấy con số quyết toán của năm trước làm mốc. Doanh nghiệp mới thành lập chưa có năm liền kề thì áp dụng theo hướng dẫn riêng của Chính phủ. Sai lầm phổ biến là lấy doanh thu năm hiện tại để "tự nhận" mức ưu đãi, dẫn đến kê khai sai thuế suất và bị điều chỉnh khi rà soát.
Điểm mới nhất: miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp doanh thu dưới 1 tỷ
Nếu bậc 15% đã là ưu đãi, thì có một nhóm còn được nhiều hơn thế. Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 hướng dẫn thi hành Luật 67, và sau đó Nghị định 141/2026/NĐ-CP ngày 29/4/2026 đã bổ sung một khoản đáng chú ý: miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp, tổ chức có tổng doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống. Khoản miễn này áp dụng từ ngày 1/1/2026, và đây cũng chính là nghị định đã đồng bộ ngưỡng 1 tỷ giữa hộ kinh doanh và doanh nghiệp siêu nhỏ — một định hướng rõ ràng nhằm khuyến khích hộ kinh doanh mạnh dạn chuyển lên mô hình doanh nghiệp mà không sợ gánh thêm thuế ở quy mô nhỏ.
Vì khoản miễn áp dụng từ đầu năm 2026, phần xử lý chuyển tiếp là việc kế toán phải làm ngay. Doanh nghiệp đủ điều kiện mà đã tạm nộp thuế TNDN quý I/2026 thì không phải tạm nộp các quý tiếp theo, và phần đã nộp được bù trừ hoặc hoàn trả theo quy định về quản lý thuế. Với kỳ tính thuế năm 2025 có thời điểm kết thúc sau ngày 1/1/2026 — tức các doanh nghiệp có năm tài chính lệch — phần thu nhập tính từ 1/1/2026 đến hết kỳ 2025 cũng được miễn, xác định theo phương pháp phân bổ theo tháng. Nói gọn: nếu doanh thu doanh nghiệp của bạn dưới 1 tỷ mà quý I đã trót tạm nộp, đừng để tiền đó nằm im, hãy rà lại và làm thủ tục bù trừ hoặc hoàn.
Vùng xám và rủi ro lớn nhất: quan hệ liên kết
Đây là chỗ tạo ra giá trị thật của bài viết, vì cũng là nơi doanh nghiệp dễ bị truy thu nhất. Cả mức ưu đãi 15%, 17% lẫn khoản miễn thuế cho doanh thu dưới 1 tỷ đều không áp dụng cho doanh nghiệp là công ty con, hoặc doanh nghiệp có quan hệ liên kết, mà bên liên kết không phải là doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi. Mục đích của quy định này rất rõ: chặn chiêu chia nhỏ một doanh nghiệp lớn thành nhiều pháp nhân con để mỗi pháp nhân đều "lọt" xuống dưới ngưỡng và hưởng thuế thấp.
Trong thực tế, đây là ranh giới gây tranh cãi và là điểm mà các nhóm công ty gia đình, hệ sinh thái nhiều pháp nhân rất dễ vướng. Câu hỏi nên đặt ra trước khi kê khai ưu đãi là: doanh nghiệp của mình có cổ đông, thành viên góp vốn nào đồng thời chi phối một pháp nhân khác không; có giao dịch nội bộ, cho vay, mua bán giữa các bên liên quan không; nếu gộp doanh thu cả nhóm thì có còn dưới ngưỡng không. Khi rơi vào nhóm liên kết, an toàn là áp mức phổ thông 20% và chuẩn bị hồ sơ chứng minh quan hệ sở hữu, thay vì mặc nhiên hưởng ưu đãi rồi để rủi ro treo lơ lửng. Cần nói thẳng phần còn chưa rõ: ranh giới "quan hệ liên kết chi phối" trong từng tình huống cụ thể không phải lúc nào cũng hiển nhiên, và cách hiểu của cơ quan thuế từng nơi có thể khác nhau. Với những cấu trúc sở hữu phức tạp, cách phòng thủ tốt nhất là có văn bản hỏi cơ quan thuế quản lý trực tiếp để có căn cứ bằng giấy trắng mực đen trước khi quyết toán, thay vì tự suy đoán rồi gánh rủi ro truy thu.
Một lưu ý về sự dịch chuyển liên tục của chính sách
Điều cần ghi nhớ là khung thuế TNDN đang thay đổi rất nhanh: luật mới hiệu lực từ cuối 2025, nghị định hướng dẫn ban hành tháng 12/2025, rồi nghị định sửa đổi bổ sung khoản miễn thuế vào tháng 4/2026. Mỗi lần viện dẫn một mức thuế suất, một ngưỡng doanh thu hay một số hiệu văn bản, hãy mở lại văn bản mới nhất để kiểm chứng trước khi đưa vào tờ khai hay tư vấn cho lãnh đạo. Trong giai đoạn này, một con số nhớ theo thói quen rất dễ trở thành con số đã lỗi thời.
Việc cần làm ngay
Có bốn việc nên làm trước khi khép kỳ.
- Xác định đúng bậc thuế suất cho năm nay bằng cách lấy tổng doanh thu của kỳ tính thuế liền kề trước, đừng lấy doanh thu năm hiện tại.
- Nếu doanh thu doanh nghiệp từ 1 tỷ trở xuống, kiểm tra điều kiện miễn thuế và xử lý ngay phần đã tạm nộp quý I/2026 bằng bù trừ hoặc hoàn.
- Rà soát quan hệ sở hữu và liên kết một cách trung thực trước khi kê khai bất kỳ mức ưu đãi nào, vì đây là rủi ro truy thu lớn nhất.
- Cập nhật lại cấu hình thuế suất trên phần mềm kế toán, vì không ít phần mềm vẫn mặc định 20% và sẽ tính sai nếu không chỉnh.
Sau cùng, hãy nhìn khung thuế suất mới đúng bản chất của nó: đây không chỉ là một đợt giảm thuế, mà là tín hiệu chính sách kéo doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh về cùng một sân chơi minh bạch, với mức thuế đủ thấp để không ai phải né tránh việc lớn lên thành doanh nghiệp chính thức. Tận dụng đúng thì đây là dư địa tài chính thật; áp sai hoặc cố lách qua quan hệ liên kết thì cái giá phải trả khi thanh tra luôn lớn hơn phần tưởng là tiết kiệm được.
